《神圣之门》的故事跨越了两个世界。为了拯救“共同时刻的世界”，“整合世界”中有六个少年，他们在交错的时空中应运而生，与主角形成了强烈的联系...
【希望之火-赤音】
赤音的故事，从他与“火焰”的相遇开始。鲜红色的火焰增添了温暖，也拉开了他命运的序幕，他决心前往神圣的出口，用拳头破坏了整个世界的混乱。计划好的运势，无法突破的屏障，实力的差距，让赤音心中的火焰几乎熄灭，带着悲伤的他应邀来到火想乡。冷静地接受了一切之后，再次唤醒了火焰，用自己的意志和拳头，为新的战斗揭开了序幕。
【清水-苍人】
落下的雨滴化为“水”流入苍人的心中，让原本连一丝涟漪都不愿泛起的苍人，打开了命运的选择。一路走来的苍人突破了水精灵的试炼，但是他的心中仍然有挥之不去的罪恶。审判之日近在咫尺，为了与过去的自己结婚，赎清了杀人罪，苍人在常界荒岛——龙宫乡漂浮。回到这个岛后的苍人，放弃了洗过去，选择了接受一切的他，再一次找回了失去的清澈。
[前行之风-翠]
翠一直在为突破“现在”而不断进步，微微吹起的风一直伴随着她。当她冲向神圣的大门时，她开始担心风会突然停止。深陷恐惧与不安的翠，忘了脚踏实地，迎来了平静之后的暴风雨。为能够实现比任何人都更快捷的愿望，翠在高耸入云的蓬莱乡拼命地练习。最终，她乘着优势精王掀起的沙尘暴，出现在大家面前，再一次开始无忧无虑地奔跑。
【引导之光-光】
光芒四射，像太阳一样的光芒，无论是快乐、悲伤还是痛苦，脸上总是只有一种微笑的表情。承担着巨大的重任，被光辉所引导，慢慢地让她应付真实的自己和她不想知道的真相，从此她的笑容不再是发自内心的。为寻找微笑的真正内涵，光来到漂浮在仙界的始终乡，再一次露出只为自己的微笑。即便如此，她的微笑依然温暖，引导着每个人前进的道路。
【抵抗之暗-紫】
紫色喜欢夜晚，喜欢被深邃的“黑暗”所笼罩，染上紫色的城市。为了寻找童年唯一的记忆，她斩断了前往神圣出口的道路。直到执掌暗的精灵降下温柔的拥抱，紫终于触动了她寻找的过去。为了结束陷入黑暗的悲伤循环，小小的死神开始了一场革命，打败了深渊。深渊的尽头，漂浮在黑夜中的死后乡，紫接受了束缚自己的黑暗，在审判的日子里不断地对抗。
【回归之无-银次】
对于一切都漠不关心，只相信力量的银次沉醉在自己得到的“无”力量中，肆意破坏，试图将交错的全球化为虚无。直到无之精灵的低声劝诫，让银次对“无”的价值产生了怀疑。为看清晚上的审理，把一切都归咎于虚无本意，银次前往常界，也前往地下乡寻找“无”之力的真相。掌握了一切之后，银次和大家走上了同样的道路，他的目的就是把“整合世界问世”这件事本身回归到“无”。
为了探索真相，在“整合世界”中与命运作斗争的六个少年，打败并拥抱了曾经不知所措、懦弱的自己。他们的实力也会帮助主角拯救《神圣之门》中的理力，恢复“共时全球”的平衡。
